Ну без спойлеров не обошлось, если это спойлером назвать можно.
Т.е. играешь, а тут бац - босс в игре. Ясен пень, что босса не придумали с бухты барахты, а взяли с манги. И если в манге до него еще не дочитал, а в игре он есть, то значит этот босс будет и в манге, только позже. Это кроме босса Рэд-а, вокруг которого крутится сюжет, он с нуля придуманный босс.
Но в целом с сюжетом манги это никак не пересекается. В игре выдали боссов не для сюжета, а для того чтобы можно было их отдубасить.